丸洞式巣箱は、丸太をくり抜いて作った伝統的な巣箱です。野生のニホンミツバチが巣を作る木の洞に似ているので、ニホンミツバチが好むと言われています。長崎県の対馬や、和歌山県南部など、伝統的に丸洞式巣箱で飼育している地域があります。同じ丸洞式巣箱でも、ハチミツを採取する方法は様々あります。材料の入手や丸太の加工、ハチミツの採取方法が難しいこともあり、利用者は減少傾向にあると考えられます。丸洞式巣箱での飼育情報はインターネット上でも少ないです。

貴重な情報源として、総合地球環境学研究所が和歌山県古座川流域のニホンミツバチを取材した映像が公開されています。